Nejvyšším bodem území je hora Praděd s nadmořskou výškou 1491,3 m, nejnižším místem je hladina řeky Bělé v Mikulovicích s nadmořskou výškou 320 metrů. Pohoří má střední nadmořskou výšku 667,6 m, střední sklon svahů 13° 55'. Pradědská hornatina dosahuje střední nadmořské výšky 953 m a relativní výškové členitosti až 800 m. Území má horský ráz s úzkými rozvodnými částmi terénu a hlubokými údolími, jejichž hloubka nezřídka přesahuje 300 m. Charakteristické jsou přímočaře probíhající svahy, široká sedla a velké spády řek a potoků.
Pohoří prodělalo složitý geomorfologický vývoj. Bylo vytvořeno několika horotvornými pochody. Variským vrásněním koncem prvohor vzniklo pohoří středohorského rázu, které bylo již koncem prvohor dlouhotrvající denudační činností postupně sníženo a tato činnost vyvrcholila ve svrchní křídě až oligocénu vytvořením paroviny. Ve třetihorách se parovina začala vlivem dozvuků alpinského vrásnění zmlazovat. Celá kra Hrubého Jeseníku byla vyzdvižena proti kře Nízkého Jeseníku. Tak vznikl dnešní hlavní hřbet probíhající od Šeráku přes Červenou horu, Praděd, Vysokou holi na Pec. Celý masiv je trupového charakteru a v jeho vrcholových částech jsou zachovány zbytky holoroviny. Zvedání pohoří způsobilo silné oživení erozní činnosti vodních toků a vznik dnešních hlubokých údolí. Ta sledují tektonické linie, pruhy méně odolných hornin a spádové poměry území. Na prudkých svazích docházelo k vodní erozi, výsledkem byl vznik četných strží. Vyskytují se zvlášť v údolích Hučivé Desné a Branné.

V době ledové se severský ledovec zastavil na severním úpatí pohoří. Chladné klima vytvořilo na vrcholech i svazích Hrubého Jeseníku četné periglaciální jevy, především polygonální půdy, skalní skupiny, kamenná moře a suťové proudy. V závětrných prostorách nejvyšších poloh Hrubého Jeseníku vzniklo místní horské zalednění. Přímým působením ledovce s teplou bází se vytvořil kar Velké kotliny. Některé další karoidy (Malá kotlina, Jelení žleb, Sněžná kotlina) byly modelovány nivací. Do postglaciálního období je kladen rozvoj jesenických rašelinišť.

Geologicky patří Hrubý Jeseník do moravsko-slezské zóny Českého masivu. Centrální část Hrubého Jeseníku je rozdělena na keprnickou a desenskou klenbu. Antiklinální pásmo keprnické pokračuje k severozápadu tzv. sérií Branné, antiklinální pásmo desenské přechází do oblasti andělskohorských vrstev, které již patří k Nízkému Jeseníku a do CHKO Jeseníky zasahují jen okrajově. Série Červenohorského sedla představuje synklinální pásmo mezi oběma antiklinálními strukturami.
Jádro keprnické klenby tvoří staré sedimentární horniny, které jsou přeměněny v pararuly, kvarcity, erlány a migmatity. Uvnitř klenby vystupuje těleso keprnické ortoruly (granitizované pararuly), dále se střídají pararuly a svory. Obal je tvořen devonskými horninami série Branné a Červenohorského sedla. Podobnou skladbu jako kepmická klenba má i klenba desenská ve východní části Hrubého Jeseníku. V jejím jádru však jsou převládajícími horninami migmatity a pararuly. V jižní části zasahuje do CHKO Jeseníky sobotínský a v severní části jesenický amfibolitový masiv, tvořený pestrým souborem metamorfovaných hornin (amfibolity, amfibolické ruly a břidlice). Na území CHKO Jeseníky zasahuje i pásmo vrbenské skupiny a zóna Branné.

Vzhledem ke geologickému podloží lze konstatovat, že rychlost zvětrávání hornin, závislá na zrnitosti, vrstevnatosti a přídatných látkách, je pozvolnější, podíl jílových zrn je malý. Obsah přístupných živin (draslíku, sodíku, vápníku a hořčíku) je střední až chudší.

Půdní poměry oblasti jsou pestré. V nižších polohách, se v závislosti na charakteru substrátu a na georeliéfu vyvinula mozaika různě nasycených hnědých půd - kambizemí, které jsou na živných stanovištích zastoupeny pře vážně kambizeměmi mezotrofními. Půda je zpravidla středně hluboká až hluboká, písčitohlinitá až hlinitopísčitá, tmavěji zbarvená s poměrně dobrou sorpční kapacitou a poměrně příznivá je i její biologická aktivita. Formou nadložního humusu je mulový moder. Obsah skeletu se pohybuje mezi 20-40 %. Půda je čerstvě vlhká, občas vysychavá, půdní reakce mírně kyselá.
Na kyselých stanovištích převažují kambizemě oligotrofní až podzolované - dystrické, převážně mělké až středně hluboké, hlinitopísčité až písčité, místy se značným zastoupením skeletu. Formou nadložního humusu je morový moder až mor. Významná část půd vykazuje větší nebo menší stupeň podzolizace s kyselou až silně kyselou reakcí a malou sorpční kapacitou. Dystrické kambizemě jsou zastoupeny zejména v nižších částech údolních svahů a při okrajích pohoří. Ve vyšších polohách (v šestém, tj. smrkobukovém a částečně sedmém, tj. bukosmrkovém lesním vegetačním stupni) převládají horské hnědé půdy, tj. kryptopodzoly, a to na živných stanovištích kryptopodzoly mezotrofní, které bývají převážně písčitohlinité, středně hluboké, rezivě okrově hnědé barvy, středně kyselé, s nenasyceným sorpčním komplexem. Na kyselých stanovištích se vyskytují kryptopodzoly oligotrofní. Půda je převážně hlinitopísčitá, mělká až středně hluboká, značně skeletovitá, světle rezivě okrově zbarvená, silně kyselá s výrazně nenasyceným sorpčním komplexem.
V horských polohách se vyskytují horské podzoly, které vznikají na kyselých horninách v humidním klimatu. Kambizemní podzoly jsou v této oblasti hlavním typem půd. Jsou to mělké až středně hluboké půdy s mocnou vrstvou humusu, silně kyselé. Převažující humusovou formou je mor. V nejvyšších polohách (přibližně nad 1050 m n. m.) převládají humuso-železité podzoly, místy zamokřené a zrašelinělé.
Na kamenitých a skalnatých lokalitách jsou zastoupeny rankery, kambizemě a kryptopodzoly rankerové, na strmých srázech se skalními výchozy půdy nevyvinuté - litozemě (Velká kotlina, holorovina na Břidličné). Na vápencích jsou ostrůvky hnědých rendzin.

Na vlhkých stanovištích a podél potoků ve sníženinách nalézáme kambizemě a kryptopodzoly pseudoglejové, pseudogleje až gleje. Na rašeliništích je zastoupena organozem. Zcela zvláštními půdními útvary jsou polygonální půdy, které vznikly v chladných periodách čtvrtohor na Vysoké holi a na Máji. Na Keprníku jsou vyvinuty thufury. Na Břidličné hoře nalézáme kamenné polygony a brázděné půdy s vypuklým nebo vkleslým kamenným pruhem.

Pohoří Hrubého Jeseníku, které je jádrem CHKO Jeseníky, leží na rozhraní dvou klimatických oblastí. Západní hranice kontinentálního klimatu se zde setkává s doznívajícími vlivy klimatu oceanického. Vyznačuje se vysokou relativní vlhkostí a převládajícím západním větrným prouděním, které přináší značné množství srážek. Horská část CHKO Jeseníky je řazena k chladné oblasti. Podle Quitta, E. (1971) je nižší horská část v oblasti CH 7, vyšší nad 900 m je v oblasti CH 6 a hřbety nad 1200 m jsou v CH 4, která je v České republice nejchladnější. Klima na úpatí Jeseníků je mírně teplé a pouze mírně vlhké. Jeseník má průměrnou roční teplotu 7,1 °C a roční úhrn srážek 846 mm, Zlaté hory 7,5 °C a 822 mm. Srážky rostou směrem do vyšších poloh, teploty tímto směrem naopak klesají. Rejvíz má průměrnou roční teplotu 5,3 °C a roční úhrn srážek 1029 mm, Vrbno - Vidly 1234 mm. Ve vrcholových částech panuje drsné vlhké a větrné klima. Praděd má průměrnou roční teplotu 0,9 °C a roční úhrn srážek cca 1400 mm. Pro chladnou oblast je charakteristické velmi krátké léto, chladné a vlhké, přechodné období velmi dlouhé s chladným jarem a mírně chladným podzimem, zima velmi dlouhá, velmi chladná, vlhká s velmi dlouhým trváním sněhové pokrývky (oblast Pradědu, Šeráku - Keprníku - Vozky, Orlíku).
V mírně teplé oblasti (nejnižší část území v okolí Bedřichova, Nového Malína, Velkých Losin, České Vsi, Ondřejovic) je léto normálně dlouhé, mírné, mírně suché, přechodné období je krátké, s mírným jarem a mírně teplým podzimem, krátká zima, mírná, suchá, s krátkým trváním sněhové pokrývky.

Pro CHKO Jeseníky jsou charakteristické velké klimatické rozdíly na poměrně krátké vzdálenosti, což úzce souvisí s velkými rozdíly v nadmořské výšce. Často bývá počasí na obou stranách hlavního hřbetu Hrubého Jeseníku zcela odlišné. Podstatným faktorem, uplatňujícím se v klimatu území je význačný klimatický předěl, který probíhá od Ramzovského sedla na Červenohorské sedlo a dále na východ. Tento předěl odděluje klima Slezské nížiny od vnitřního klimatu Moravy. Rozsáhlá Slezská nížina produkuje masy teplého vzduchu, který je vzdušnými proudy unášen na okrajové severovýchodní svahy Hrubého Jeseníku. Oblast Rejvízu je proti těmto vlivům chráněna a zachovává si ráz drsného horského klimatu.
Každoročně nastávají v Hrubém Jeseníku teplotní inverze. Ve vyšších polohách je teplo a slunečno, v údolích a kotlinách jsou mlhy. Na některých lokalitách se výrazně uplatňuje vliv mikro a mezoklimatu. Ve vrcholových polohách Hrubého Jeseníku je možnost mrazů po celý rok. Teploty pod 0 °C byly na Pradědu naměřeny i v červenci a srpnu. Tropické dny s maximální teplotou nad 30 °C se v těchto polohách nevyskytují. Výška sněhové pokrývky kulminuje v březnu, kdy dosahuje v dlouhodobém průměru 160 cm. Souvislá sněhová pokrývka trvá na Pradědu v dlouhodobém průměru od 30. 11. do 19. 4. Ještě déle drží sníh na některých dalších místech, zejména ve Velké kotlině, kde odtávají poslední zbytky sněhu až začátkem července. Na některých místech, hlavně ve Velké kotlině, ale výjimečně i jinde (Malá kotlina, Jelení žleb, Sněžná kotlina) dochází občas k pádu sněhových lavin. Vrchol Pradědu patří k největrnějším místům CR. Bezvětří je zde zaznamenáno průměrně jen 5,5 dnů v roce. Pro celé pohoří je charakteristické převládající západní větrné proudění. V tomto směru probíhají i hlavní údolí řek Divoké Desné, Hučivé Desné, Merty a Branné. Vodící návětrná údolí, zrychlující vrcholová část hřbetů a turbulentní proudění v závětrných polohách jsou principem tzv. anemo-orografických systémů. Jejich funkcí je vysvětleno velké hromadění sněhových hmot (následně lavin), obohacování závětrných poloh o minerální i organické částice (spory i semena), čímž je vysvětlena i bohatost a pestrost květeny jesenických karů a karoidů.

Současná flóra a vegetace Hrubého Jeseníku je výslednicí dlouhodobého vývoje od poslední doby ledové ve starších čtvrtohorách. Podle fytogeografického členění ČR náleží většina území CHKO do fytogeografické oblasti oreofytikum.
Převažuje zde extrazonální horská vegetace montánního až subalpínského stupně a až na nepatrné výjimky chybějí teplomilné druhy. Nevelká hraniční část CHKO je řazena do oblasti mezofytika, do fytogeografických podokresů Rychlebská a Hanušovická vrchovina, Vidnavsko-osoblažská pahorkatina a do fytogeografického okresu Jesenické podhůří.
V Hrubém Jeseníku plošně převažují lesní fytocenózy. Potenciálně jsou to zejména bučiny Eu-Fagenion: v nižších polohách a na živných substrátech květnaté bučiny Dentario enneaphylli-Fagetum, na chudších horninách kyselé bikové bučiny Luzulo-Fagetum. Ve vyšších polohách nalezneme smrkové bučiny Calamagrostio villosae-Fagetum a horské bučiny s javorem klenem Aceri-Fagetum. Horní hranici lesa tvoří horské klimaxové smrčiny Piceion excelsae, nad nimi v nejvyšších polohách bezlesé hole s vegetací tříd Juncetea trifidi, Mulgedio-Aconitetea a Salicetea herbaceae. Horní hranice lesa se pohybovala přibližně na úrovni hranice současné, kolem vrstevnice 1350 m n. m. V komplexu lesních společenstev se lokálně vyvinula specifická společenstva rašelinišť, pramenišť a skal. Také v současné době převažují v Hrubém Jeseníku společenstva lesní, vlivem antropizace převážně druhotné smrčiny. Květnaté bučiny Eu-Fagenion se v Hrubém Jeseníku zachovaly do nadmořské výšky okolo 1000 m jako přirozené nebo polopřirozené porosty s charakteristickým druhově bohatým bylinným patrem. Najdeme je mj. na svazích údolí Merty, v údolí Divoké Desné, méně v údolích Hučivé Desné, Branné a Bělé. Jejich výskyt je vázán na svažitý a členitý reliéf.
Acidofilní horské bučiny Aceri-Fagetum jsou vázány na hřbetové polohy, dochovaly se fragmentárně a jejich porosty tvoří přechod mezi květnatými bučinami a horskými klimaxovými smrčinami. V jejich stromovém patře se vedle buku prosazuje javor klen. Rostou v oblasti Červenohorského sedla, méně v údolí Hučivé a Divoké Desné, v údolí Merty (Kočičí skalky), na vrcholu Černé stráně, v Malé a Velké kotlině. Svým charakterem jsou velmi blízké suťovým a roklinovým lesům Tilio-Acerion. Roklinové lesy porůstají extrémní stanoviště svahů (až 50°), skal a sutí montánního stupně (mj. Bučina pod Františkovou myslivnou).

Acidofilní smrkové bučiny Calama-grostio vilbsae-Fagetum utvářejí přirozené porosty v nadmořské výšce 800 až 1200 m na oligotrofních horninách, a také druhotně jako degradační stádia květnatých bučin. Oproti květnatým bučinám mají druhově chudé bylinné patro. Představují vegetaci plochých horských hřbetů a tvoří přechod mezi bučinami a klimaxovou smrčinou.
Klimaxové smrčiny Piceion excelsae se zachovaly ve fragmentech při horní hranici lesa. Spolu s druhotnými smrčinami zaujímají největší rozlohu lesních fytocenóz Hrubého Jeseníku. Plošně nejrozsáhlejší jsou třtinové smrčiny Calamagrostio villosae-Piceetum. Vedle smrku ztepilého (Picea abies) se mezi dřevinami ojediněle vyskytuje také jeřáb ptačí (Sorbus aucuparia). Na podmáčených stanovištích jsou časté rašelinné smrčiny Sphagno-Piceetum. Tyto porosty se vyznačují rozvolněným zápojem a často lemují vrchovištní rašeliniště s vegetací svazů Leuko-Scheuchzerion palustris a Oxycocco-Empetrion hermaphroditi. Najdeme je např. mezi Vozkou a Keprníkem, na Trojmezí, na Kamzičníku a Jezerné a pod Petrovými kameny. Rašelinné smrčiny obklopují i blatkové rašeliniště na Rejvízu, kde se nachází komplex vegetace svazů Pino-Ledion a Oxycocco-Empetrion hermaphroditi, a také rašeliniště na Skřítku.
Na extrémních stanovištích (suť z devonského křemence) se zachovaly reliktní bory Dicrano-Pinion, zejména v přírodních rezervacích Bořek u Domašova a Suchý vrch, v malých plochách také na Zámeckém vrchu v pásmu Orlíku.
Podél vodních toků je rekonstruována vegetace pobřežních luhů z podsvazu Alnenion glutinoso-incanae. Zachovala se do jisté míry zejména podél Bělé, Bílé a Střední Opavy a Divoké a Hučivé Desné.
Z Hrubého Jeseníku jsou popsána společenstva listnatých keřů na lavinových drahách ze svazu Salicion silesiacae, asociace Salici silesiacae-Betuletum carpaticae a Piceo-Salicetum silesiacae. Na lavinových drahách a kolem horských potoků rostou vysokobylinná společenstva svazu Adenostylion a kapradinové nivy svazu Dryopterido-Athyrion.
Hole určují přírodní charakter pohoří. Ač rozlohou nevelké, jsou svébytnými ostrovy v moři hercynské lesní vegetace a kulturní krajiny. Vynikají vysokou diverzitou s endemickými, reliktními a penetrantními taxony. Analogické typy vegetace najdeme ještě v Krkonoších a na Králickém Sněžníku. Tento vegetační komplex je jedinečný nejen v České republice, ale v mnoha ohledech i ve středoevropském měřítku.
Na vyfoukávaných místech, mechanicky ovlivňovaných větrem a sněhem, ovšem bez dlouhodobé sněhové pokrývky, najdeme vegetaci svazu Juncion trifidi. Horské hřbety pokrývají krátko-stébelné porosty svazu Nardo-Caricion rigidae, které v místech s déle ležícím sněhem přecházejí ve vysokostébelné porosty svazu Calamagrostion villosae. Na horských prameništích roste vegetace svazu Cardamino-Montion. Specifickou, druhově velmi bohatou vegetaci najdeme v závětrných polohách karů a karoidů, v turbulentních prostorech anemoorografických systémů. Jsou to jednak společenstva skalních terásek svazu Agrostion alpinae, jednak vysokostébelné trávníky svazu Calamagrostion arundinaceae.
Rozsáhlou enklávou přirozeného bezlesí je hřbet od Ztracených kamenů přes Pec, Pecny, Břidličnou, Jelení hřbet, Máj, Kamzičník, Vysokou holí až k Petrovým kamenům, další je vrchol Pradědu a Keprníku. Méně výrazné jsou enklávy Mravenečníku, Šeráku a Červené hory (1337 m n. m.).

Pro CHKO Jeseníky je příznačné, že diverzita několika lokalit reprezentuje celé pohoří. Platí to zejména o jesenických karech, zvláště o Velké kotlině, která je řazena mezi nejvýznamnější lokality Střední Evropy. Dva endemické taxony, jitrocel černavý sudetský (Plantago atrata subsp. sudetica) a hvozdík kartouzek sudetský (Dianthus carthusianorum subsp. sudeticus) význam Velké kotliny podtrhují. Petrovy kameny hostí další dva endemity Hrubého Jeseníku. Jsou to lipnice jesenická (Poa riphaea) a zvonek český jesenický (Campanula bohemica subsp. gelida). Jen v Hrubém Jeseníku a v Krkonoších roste zvonek okrouhlolistý sudetský (Campanula rotundifolia subsp. sudetica). Dalšími neopomenutelnými lokalitami jsou Malá kotlina, vrchol Pradědu - Tabulové skály, Rejvíz, Keprník, Sněžná kotlina, Červená hora, Sumárník, Malý a Velký Děd, Vozka atd. V CHKO Jeseníky roste asi 1200 druhů cévnatých rostlin. Jejich ohrožení se pokusil vystihnout L. Bureš, který do osmi kategorií regionálního červeného seznamu zařadil celkem 342 taxony. Z celostátně chráněných zde najdeme 34 druhy kriticky ohrožené - mezi ně patří i výše zmíněné endemity i řada dalších. Pět kriticky ohrožených druhů z celostátního seznamu se nepodařilo ověřit. Jsou to koniklec jarní alpinský (Pulsatilla vernalis var. alpestris), ostřice vláskovitá (Carex capillaris), puchýřník sudetský (Cystopteris sudetica), bělorozchodník huňatý (Oreosedum villosum) a rozrazil chudobkovitý (Veronica bellidioides). Nově byl nalezen sklenobýl bezlistý (Epipogium aphyllum).
Mezi druhy silně ohrožené podle vyhlášky MŽP č. 395/92 Sb. jsou řazeny 32 druhy, mj. jestřábník alpský (Hieracium alpinum), korálice trojklanná (Corallorhiza trifida), kropenáč vytrvalý (Swertia perennis), ostřice mokřadní (Carex limosa), sasanka narcisokvětá (Anemonastrum narcissiflorum). Nezvěstný je všivec bahenní (Pedicularis palustris). hořec panonský (Gentiana pannonica) je zde nepůvodní a momentálně se šíří. Mezi druhy ohrožené patří 32 taxony, mj. hadilka obecná (Ophioglossum vulgatum), koprníček bezobalný (Ligusticum mutellina), kyhanka sivolistá (Andromeda polifolia), pětiprstka žežulník (Gymnadenia conopsea), rojovník bahenní (Ledum palustre), šicha oboupohlavná (Empetrum hermaphroditum) a další. Kapradina pérovník pštrosí (Matteuccia struthiopteris) je v CHKO jako vzácně se vyskytující, plavuník Zeillerův (Diphasiastrum zeilleri) byl opět potvrzen. Nově byly nalezeny zřejmě vysazené druhy koprník štětinolistý (Meum athamanticum) a prha arnika (Arnica montana).

Fauna CHKO Jeseníky je méně prozkoumána než květena. I na současném stupni poznání však lze tvrdit, že CHKO Jeseníky je významným útočištěm mnoha živočišných druhů, které jsou na jiných místech ohroženy postupujícím civilizačním procesem. Ochrana přírody sleduje jak zabezpečení vhodných životních podmínek pro současnou faunu, tak možnosti alespoň částečné rekonstrukce původního či v nedávné době známého složení fauny. Pro tyto účely jsou zpracovány nebo se zpracovávají projekty, týkající se např. mihule potoční, sokola stěhovavého, tetřeva hlušce, rysa ostrovida, obojživelníků ap. Ověřují a zkoumají se původní biotopy jednotlivých živočišných druhů nebo skupin druhů s cílem zajistit jejich případnou obnovu a územní ochranu.
K postglaciálním reliktům patří ořešník kropenatý (Nucifraga caryocatactes), sýc rousný (Aegolius funereus), kos horský (Turdus torquatus) a myšivka horská (Sicista betulina), byl pozorován i datlík tříprstý (Picoides tridactylus).
Pozornost je samozřejmě věnována endemickým taxonům. Patří mezi ně mj. zdejší poddruh okáče menšího (Erebia sudetica subsp. sudetica). Z celostátně kriticky ohrožených druhů dle vyhlášky MŽP č. 395/92 Sb. je v CHKO Jeseníky zjištěno 21, mj. mihule potoční (Lampetra planeri), čolek karpatský (Triturus montandoni), zmije obecná (Vipera berus), kulík hnědý (Charadrius morínellus), sokol stěhovavý (Falco peregrinus), tetřev hlušec (Tetrao urogallus) a vzácně sem zavítá medvěd hnědý (Ursus arctos).
Padesát zdejších druhů je silně ohrožených. Jsou to mj. ocasatí obojživelníci čolek horský (Triturus alpestris) a č. obecný (T. vulgaris), mlok skvrnitý (Salamandra salamandra), z žab skokan ostronosý (Raná arvalis), dále plazi ještěrka obecná (Lacerta agilis) a j. živorodá (Zootoca vivipara), z bohaté avifauny jmenujeme alespoň bekasinu otavní (Gallinago gallinago), čápa černého (Ciconia nigra), chřástala polního (Crex crex), jeřábka lesního (Bonasa bonasia), tetřívka obecného (Tetrao tetrix), ze savců rejska horského (Sorex alpinus), rysa ostrovida (Lynx lynx), z bezobratlých žluťáska borůvkového (Colias palaeno).
Ohrožených druhů bylo zjištěno 40, patří k nim mj. vranka obecná (Cottus gobio) a v. pruhoploutvá (C. poecilopus), ropucha obecná (Bufo bufo), užovka obojková (Natrix natrix), ořešník kropenatý (Nucifraga caryocatactes), sluka lesní (Scolopax rusticola), výr velký (Bubo bubo).
Známá jsou zimoviště netopýrů ve starých důlních dílech. Stále dochází k objevům pro vědu nových druhů nebo druhů v Jeseníkách neznámých, zejména mezi bezobratlými. Zásadní vliv na přirozený vývoj ohrožených druhů rostlin a živočichů měla na konci 20. století lidská aktivita. Například úpravy mnohých toků brání přirozené migraci živočichů. Na vodní faunu má v některých případech negativní vliv i budování a obnova malých vodních elektráren.

Velká členitost terénu, drsnější klima a pralesovité porosty Hrubého Jeseníku způsobily, že se v něm vlivy člověka začaly projevovat teprve ve 13.-14. století. Kolonizátoři zakládali osady, les v podhůří ustupoval pastvinám a polím. Osídlování Jesenicka postupovalo ze slezských nížin, od Opavy z tzv. Holasicka osídlování Bruntálská a z Hornomoravského úvalu od Šternberka se šířilo osídlení Rýmařovska. Postup kolonizace se zastavil v podhůří Hrubého Jeseníku, takže tehdy ještě nebyly zásadním způsobem ovlivněny přirozené lesy vyšších poloh. Masiv Hrubého Jeseníku začal měnit svou tvářnost až v 15.-16. století, což souviselo s rozvíjející se těžbou rud okolo Rýmařova (Ruda, Horní Město, Stříbrné Hory, Nová Ves), Zlatých Hor, Světlé Hory, Rudné, Jeseníku a j. Hutě spotřebovávaly značné množství dříví. Ve vyšších polohách se dlouho udržely neprostupné pralesy s dravou zvěří. Kolonizace postupovala současně s feudalizací. Z původního zeměpanského majetku vzniklo šest velkých panství:
Branná (Hanušovice) byla až do roku 1391 zeměpanským majetkem, od 15. století patřila Valdštejnům z Kolštejna, v 16. století Zvolským ze Zvole, pak krátce Žerotínům, Bruntálským z Vrbna, Petřvaldským z Petřvaldu a od roku 1622 Lichtenštejnům a to až do roku 1926, kdy majetek převzal stát.
Janovické panství bylo nejdéle (z těchto šesti) královským majetkem a po řadě zástav bylo teprve v roce 1586 prodáno Hofímannům z Griinbüchlu, pak patřilo Dittrichštejnům a později, až do roku 1945, Harrachům.
Panství Loučná a Velké Losiny bylo v držbě Žerotínů do konce 17. století jako celek, pak bylo rozděleno na Velké Losiny a Loučnou. Velké Losiny patřily Lichtenštejnům (do roku 1908) a Loučnou koupil Velehradský klášter, od něho pak v roce 1825 získali majetek Mittrovští, poté Kleinové, kterým patřil až do roku 1945.
Panství Bruntál bylo původně součástí opavského knížectví, pak krnovského, posléze patřilo Lichtenštejnům, poté až do roku 1948 Řádu německých rytířů.
Jesenicko - Zlatohorské panství bylo ve správě diecéze ve Vratislavi až do roku 1948.
Hranice těchto velkých majetků vedly po přirozených liniích a zůstaly v podstatě zachovány podnes jako hranice okresní nebo hranice mezi jednotlivými lesními správami Lesů České republiky.
K využívání vyšších poloh pohoří byl člověk nucen až na přelomu 17. a 18. století a není bez zajímavosti, že k zemědělským účelům. Pro pastvu dobytka se začaly využívat hole. Na panství Loučná a Janovice se do roku 1800 pásl hovězí dobytek (voli), na panství Bruntál ovce, což byl po 200 let běžný způsob obhospodařování jihovýchodního svahu Praděda a okolí Petrových kamenů až nad prameny Moravice. Páslo se i na holích dalších panství a ještě dřív se i travařilo. Největšího rozsahu dosáhlo travaření mezi Šerákem a Keprníkem na Branenském panství. Pastva na holích skončila až v polovině 20. století.
Budování prvních trvalých objektů v nejvyšších polohách souviselo s pastvou dobytka (Ovčárna, Švýcáma), s lovem (Františkova myslivna, Alfrédka), s budováním komunikačních sítí (Skřítek, Červenohorské sedlo) a s turistikou (Barborka, Vřesová studánka, chata Jiřího na Šeráku).
Koncem 18. století se začíná na všech majetcích v Hrubém Jeseníku uplatňovat cílevědomé hospodaření. Úzce to souvisí s Tereziánským lesním řádem, který byl pro Moravu a Slezsko vydán v roce 1754. Stav lesů byl v té době v důsledku špatného hospodaření dost neutěšený. Původní pralesy byly na mnoha místech zpustošené (nejdéle se zachovaly na Loučenském panství). Umělá sadba se začala uplatňovat asi od roku 1800 a zcela převládla po roce 1850, přičemž se ve velké míře používalo sadebního materiálu neznámého původu.

Výsadby kosodřeviny, která není v Jeseníkách původní, se ve značném rozsahu realizovaly koncem 19. a začátkem 20. století na panství Řádu německých rytířů ve snaze zvýšit horní hranici lesa, což je ve světle současných poznatků v některých případech škodlivé řešení (např. ve Velké a Malé kotlině, v okolí vrcholů Keprníku, Šeráku, Červené hory a Malého Děda).
Až do nedávné doby se obnovní postupy zpravidla omezovaly na holou seč, a to i v případech, kdy i tehdejší předpisy umožňovaly alternativní řešení. Tím se mimo jiné zhoršovaly podmínky pro přirozenou obnovu, které jsou na velké části území jinak velmi příznivé. Kvalita zalesňovacích prací byla obecně nízká, nebyly dodržovány obnovní cíle, téměř se nevyužívalo podsadeb. Neúměrně se zvýšily stavy zvěře. Tyto chyby v hospodaření, zejména změna druhové skladby dřevin ve prospěch smrku, přehlížení genetických hledisek, zanedbání výchovy a v obtížně přístupných horských polohách i obnovy lesních porostů, často nevhodně zvolené způsoby a formy obnovy - to vše, spolu s působením imisí, hmyzími škůdci a dalšími vlivy, značně snížilo stabilitu lesních porostů. Navíc se v posledních desetiletích v lesích hospodařilo především s ohledem na úzce odvětvově chápaná kriteria těžby dřeva a požadavky odběratelů, bez zřetele na proklamovanou potřebu harmonického vývoje všech funkcí lesa. Výsledkem jsou málo stabilní porosty, s druhovou skladbou pozměněnou ve prospěch smrku, převážně stejnověké, navíc oslabené působením imisí. Přes tyto skutečnosti zůstávají lesy stabilizujícím prvkem v krajině.

Značné výškové rozdíly pohoří Hrubého Jeseníku vedou k vysokému rozpětí lesních vegetačních stupňů od pátého, jedlobukového, až po devátý, klečový (bezlesé hole). V nejnižších polohách oblasti je nepatrně zastoupen i třetí (dubobukový) a čtvrtý (bukový) lesní vegetační stupeň. Vzhledem k převaze středně bohatých stanovišť jsou nejrozšířenější společenstva živné řady (téměř 60 %). Značnou plochu zaujímají také společenstva kyselé řady s těžištěm ve vyšších lesních vegetačních stupních (20 %). Společenstva extrémní řady hrají důležitou roli v ochraně půdy. Společenstva javorové řady (5%) jsou obohacena humusem, většinou ronem po svahu.
Společenstva řady obohacené vodou, oglejená, podmáčená a rašelinná zaujímají jen malé plochy. Rašelinná řada tvoří v CHKO Jeseníky 0,57 %, ovšem v rámci I. zóny je to 6,57 % výměry. Je známo, že stabilitu lesních ekosystémů ovlivňuje jejich dřevinná skladba. Podíl smrku se v CHKO přesto neustále zvyšoval, nyní činí asi 83 %, v nejmladších porostech i více. Přitom v přirozených porostech by to mělo být nejvýš 40 %. Podíl jehličnatých dřevin by měl dosahovat cca 60 %, maximálně 70 %.
V pásmu přirozených smrčin nalézáme původní ekotyp horského smrku, který je odolný proti drsným klimatickým podmínkám těchto poloh. Buk je především příměsí smrkových porostů a to až do 8. lesního vegetačního stupně. Tvoří málo přes 10 % porostů. V přirozených lesích by to mělo být 29 až 38 %. Jedle je rozšířena v okrajových částech v 5.-6. lesním vegetačním stupni. Jako příměs vystupuje až do výšky 1000 m n. m. s podílem 0,27 %, přičemž podle modelového optima by její podíl měl činit minimálně 21 %. Z dalších dřevin je zastoupen modřín 1,53 %, borovice lesní 0,17 % a nepůvodní kosodřevina 0,40 %. Javor klen je zastoupen 1,05 %, (v přirozených lesích by jeho podíl činil 4-10 %), bříza 1,04 % olše lepkavá 0,86 %, olše šedá 0,32 %, jasan 0,26 % a lípa 0,20 %. Ostatní dřeviny nedosahují ani 0,1 %, přitom podíl jeřábu by měl být asi 1-2 % (v současnosti asi 0,08 %).
Není vyvážená ani věková struktura lesních porostů. Všeobecně je vyšší rozloha mladších porostů, v horských polohách porostů nejstarších (starších 140 let), kde je naopak výrazný nedostatek porostů v prvních třech věkových třídách. Je však třeba zdůraznit, že v tak zvaných „přestárlých" porostech v horských polohách jsou soustředěny původní, geneticky nesmírně cenné dřeviny ba i celé lesní porosty.
Na území CHKO Jeseníky je šest genových základen lesních dřevin o celkové výměře téměř 3600 ha (tři z nich jsou součástí rezervací). Genové základny jsou souvislé soubory porostů původních dřevin (nebo aspoň s vysokým podílem původních dřevin) a musí být na takové rozloze, která postačuje k udržení genetické proměnlivosti populací. Potom jsou při vhodném způsobu hospodaření schopny autoreprodukce. Základním způsobem reprodukce v genových základnách je přirozená obnova. Přirozená obnova je však, a to nejen v genových základnách, ale na celém území CHKO Jeseníky, limitována stále nepřiměřenými stavy zvěře, zejména zvěře jelení a kamzicí. (Kamzíci zde byli vysazeni v roce 1913.) Má-li být dosaženo toho, aby se lesní porosty obnovovaly přirozenou cestou, je nutné vliv zvěře zásadně omezit, a to radikálním snížením jejích stavů.
V současné době na převážné části lesů v CHKO Jeseníky hospodaří Lesy České republiky, s. p. Hradec Králové. Všude, kde je to možné jsou v maximální míře využívány přírodě blízké způsoby hospodaření. Při použití přirozeného zmlazení a dalších přírodních procesů, se postupně zvyšuje podíl zpevňujících a melioračních dřevin. Cílem je dosáhnout věkové, druhové i prostorové rozrůzněnosti lesních ekosystémů a zajistit tak trvalé plnění všech funkcí lesa. Pozornost je věnována i lesním porostům při horní hranici lesa. Kromě porostů téměř pralesovitého charakteru, které se zde na malých plochách zachovaly a jsou vesměs součástí národních přírodních rezervací, zde nalezneme také porosty, kterým hrozí úplný rozvrat, poněvadž se v nich hospodařilo špatně nebo vůbec ne. Cílem hospodaření v těchto polohách je obnovit přírodě blízké a vysoce odolné lesní porosty. Úkol je to velmi obtížný, finančně náročný, vyžadující neobvyklé postupy.
Zemědělské využívání krajiny prošlo po svém úpadku, souvisejícím s odsunem německého obyvatelstva v poválečném období, složitým vývojem. Úsilí o kompenzaci úbytku obyvatelstva dosídlením pohraničí nebylo zcela úspěšné. Řada osad úplně zanikla, jinde se podstatně snížil počet obyvatel. Po období násilné kolektivizace a později vzniku velkých státních statků následovalo zcelování pozemků bez ohledu na jejich erozní ohrožení. Následovalo období vysoké intenzifikace a koncentrace výroby, poté v devadesátých letech hluboký útlum. To vše samozřejmě poznamenalo přírodní prostředí.
Vývoj pomalu směřuje k úplnému opuštění některých částí venkovské krajiny trvalým obyvatelstvem, což mění podmínky pro rostlinné a živočišné druhy, závislé na lidském hospodaření. V poslední době přibylo na úkor orné půdy travních porostů, využívaných především pro pastvu masných plemen hovězího dobytka, ale značná část zemědělské půdy není obhospodařována vůbec, nebo se pokosená tráva nechává na místě, často opakovaně po několik let. Pastva místy poškozuje prvky územního systému ekologické stability krajiny.

V CHKO se hospodářské využívání území diferencuje podle zón odstupňované ochrany přírody s cílem udržet a zlepšit jejich přírodní stav a zároveň zachovat a vytvořit optimální ekologické funkce území. Rekreační využití je přípustné, pokud nepoškozuje přírodní hodnoty chráněné krajinné oblasti.
První zónu ochrany, 7,25 % rozlohy CHKO, tvoří především vybraná ma-loplošná chráněná území. Druhá zóna vytváří rozsáhlé pásmo chránící první zónu. Převažují v něm lesní společenstva. Ucelenost první a druhé zóny v jádrovém území CHKO je předpokladem udržení vysoké druhové diverzity v oblasti a podmínkou funkčnosti nadregionálního územního systému ekologické stability. V druhé zóně převažují sekundární lesní fytocenózy sub-montánního stupně, které i přes pozměněnou přirozenou dřevinnou skladbu ekologicky stabilizují krajinu. Malou část druhé zóny tvoří nelesní společenstva, zejména luční. Jsou to především stabilizované druhově bohaté kulturní louky (Chebzí, Domašovské louky, louky v Horním a Dolním Údolí, Heřmanovicích a Ludvíkově, Morgenland aj.), rašelinné louky u Žďárského Potoka a Staré Vsi, společenstva lesních lemů a potočních niv. Do druhé zóny je zařazeno 23,23 % rozlohy CHKO.
Třetí zóna zaujímá 65,56 % území, je tvořena především hospodářským lesem a zemědělsky využívanou krajinou. Převažují zde lesní fytocenózy (sekundární smrčiny). Z nelesních fytocenóz jsou významná společenstva lesních lemů, břehových porostů, společenstva luk a pastvin. V celém území třetí zóny je řada přírodních lokalit menšího rozsahu s výskytem chráněných druhů rostlin a živočichů. Pro ekologickou stabilitu krajiny je důležitá rozptýlená mimolesní zeleň s druhově bohatou dřevinnou skladbou a výrazným krajinářským aspektem. Do této zóny jsou zahrnuty některé drobné sídelní útvary s funkcí lázeňskou (Karlova Studánka), rekreační nebo kulturně-památkovou například Žďárský potok, Rejvíz, Vidly, Horní Údolí aj.
Čtvrtá zóna (3,96 %) území zahrnuje sídelní útvary s přilehlými intenzivně využívanými zemědělskými pozemky.
I ve čtvrté zóně je řada drobných přírodovědně významných lokalit a přírodních prvků, plnících funkci biokoridorů a dotvářejících ráz krajiny. S existencí sídel je spjata významná mimolesní zeleň, například historické parky, sadové úpravy, solitérní stromy nebo skupiny stromů, z nichž mnohé jsou chráněny jako stromy památné.

Podrobně jsou možnosti řešení krajině ekologických problémů rozpracovány v plánu péče CHKO Jeseníky. Všechna zde navrhovaná opatření jsou zaměřena na udržení a zlepšení dochovaného rázu krajiny a udržení mimořádné druhové rozmanitosti. K dosažení tohoto cíle je nezbytné přijmout Í řadu nepopulárních opatření, jako je například regulace turistické návštěvnosti a omezení sportovního využívání některých lokalit, u nichž by jejich sportovní využívání bylo v rozporu s platnými právními normami, zejména se zákonem o ochraně přírody a krajiny. Ochrana přírodních hodnot oblasti je povinností všech orgánů a organizací, které na jejím území působí i každého občana, který se v ní zdržuje.

Převzato a upraveno z podkladů Agentury ochrany přírody a krajiny ČR, upravil M. Marek.